3-indooctena kiselina je vrsta biljnog auksina. Auxin ima mnogo fizioloških učinaka, koji su povezani s njegovom koncentracijom. Niska koncentracija može pospješiti rast, a visoka koncentracija će inhibirati rast, čak i ubiti biljke. Ovaj inhibitorni učinak povezan je s time može li potaknuti stvaranje etilena. Fiziološki učinci auksina očituju se na dvije razine. Na staničnoj razini auksin može potaknuti podjelu stanica kambija; potiču produljenje grana i inhibiraju rast stanica korijena; promiču diferencijaciju stanica ksilema i floema, promiču korijen reznica i reguliraju morfologiju kalusa. Na razini organa i cijele biljke auxin djeluje od sadnica do sazrijevanja plodova. Auxin kontrolira reverzibilnu inhibiciju crvenog svjetla hipokotilnog produljenja u presadnicama; kad se prenese na donju stranu izbojaka, proizvodi granski geotropizam; kada se prebaci na pozadinsko osvjetljenje izbojaka, proizvodi fototropizam grana; 3-indooctena kiselina uzrokuje apikalnu prednost i odgađa starenje listova. Auxin potiče cvjetanje, potiče razvoj partenokarpskog ploda i odgađa zrelost ploda.